Internacional

Pada tahun 2007, Juan Jesus menyertai akademi kelab Sport Club Internacional. Beliau melakukan penampilan sulungnya untuk pasukan senior pada tahun 2010 dan merangkul kejuaraan Copa Libertadores 2010.

Internazionale

Pada 30 Januari 2012, Juan Jesus berpindah ke kelab Serie A, Internazionale[1] dengan perpindahan yang menelan kos sebanyak €4 juta[2][3] tetapi terdapat juga bonus klausa tambahan dilaporkan.[2] Beliau melakukan penampilan sulungnya di Serie A untuk Inter pada 13 Mei 2012 ketika aksi menentang Lazio setelah beliau menggantikan Diego Milito.[4]

Semasa musim 2012–13, Juan Jesus terus menyerlah dengan menjadi pilihan utama bagi kesebelasan utama Inter bersama dengan pemain pertahanan lain seperti Andrea Ranocchia dan Walter Samuel di dalam sistem posisi 3–5–2. Beliau menjaringkan gol pertamanya pada 19 Mei 2013 ketika perlawanan terakhir Serie A menentang [[Udinese Calcio|Udinese].[5] Beliau mengakhiri tahun pertamanya di Itali dengan 44 kemunculan dalam semua kejohanan termasuklah 31 penampilan di Serie A bersama Inter yang menyaksikan pasukannya gagal menempah tiket ke mana-mana pentas Eropah sama ada dalam kejohanan Liga Juara-Juara Eropah mahupun Liga Europa.

Pada 12 Julai 2013, Juan Jesus mula mengambil alih jersi bernombor 5 selepas pemergian pemain berpengalaman, Dejan Stanković.[6] Pada Ogos 2013, beliau menjadi kapten pasukan Inter buat kali pertama dalam perlawanan persahabatan menentang Real Madrid di Amerika Syarikat yang berkesudahan Inter tewas 3-0.[7]

Pada 24 September 2013, Juan Jesus memperbaharui kontrkanya bersama Inter sehingga tahun 2018 dan dilaporkan bahawa beliau memperoleh gaji sebanyak €1.2 juta setiap tahun.[8][9]

Juan Jesus melakukan penampilannya yang ke-100 untuk Inter pada 4 Februari 2015 dalam perlawanan menentang Napoli pada aksi suku akhir Coppa Italia namun Inter tewas tipis 1-0 hasil jaringan oleh pemain lawan, Gonzalo Higuaín.[10][11]

Roma

Pada 14 Julai 2016, Juan Jesus menyertai Roma secara pinjaman dengan kos € juta bersama pilihan untuk dibawa masuk secara tetap dengan bayaran tambahan €8 juta.[12] Pada pertengahan musim 2016–17, beliau telah dibawa masuk secara tetap dengan nilai €1.153 juta bersama bayaran tambahan perpindahan tersebut yang bernilai €8.847 juta.[13]